Trước thể kỉ 18: địa danh Hòn Khói cũng đã có từ lúc bấy giờ, khi quân nhà Minh ở bên tàu không chịu quất phục nhà Mãn Thanh nên đã cho quân lên thuyền chạy về phía Nam, và quân Minh chia thành nhiều top cập bến vào đất Việt Nam để có thể tìm kế sinh nhai nuôi thân, những người giàu có như Mạc Cửu đã chọn Phú Quốc làm nơi sinh sống còn bên cạnh đó, thì các người khác nghèo khó phải đi cướp bóc ở hầu hết các hải đảo để cướp lương thực, trong đó thì Hòn Khói cũng bị quân tàu cướp bóc, lúc bấy giờ thuộc triều đình nhà Nguyễn có ban lệnh khi thấy quân tàu đến cướp bóc thì hãy đốt khói lên cho quan chức chính quyền khu này thấy để họ có thể điều binh lại cho kịp thời ứng cứu, vì thế hòn này đã có tên gọi từ đó, mà người ta gọi là Hòn Khói thuộc tour du lịch nha trang.
Tìm hiểu tour du lịch nha trang về lịch sử hùng tráng tại Hòn Khói - Trước năm 1930: Hòn Khói gồm có các làng như sau: làng Ðông Hà (Rớ), Ðông Hòa (Xóm Bà Ðỏi), Ðông Hải (mũi Hòn Khói), Ðông Cát (xóm Cát), Bình Tây (xóm Ðò), Thạnh Danh, Phú Thọ và Bá Hà (Cồn Cạn). lúc này Hòn Khói trực thuộc bởi huyện Vạn Ninh.
Năm 1930: Hòn Khói của tour du lịch nha trang chính thức sáp nhập huyện Ninh Hòa.
Hiện nay trong chuyến tour du lịch nha trang: Hòn Khói có 4 xã : Xã Ninh Hải (gồm các thôn Ðông Hà, Ðông Hòa, Ðông Hải, Ðông Cát và Bình Tây, xã Ninh Diêm (gồm các thôn Thạnh Danh, Phú Thọ, Chánh Thanh và Chánh Bình), xã Ninh Thủy (gồm các thôn Bá Hà, Ngân Hà và Thủy Ðầm), xã Ninh Phước (gồm các thôn Ninh Tịnh, Ninh Yển, Mỹ Giang và Ðầm Vân).